PSSM（Position-Specific Scoring Matrix）是从MSA中构建的，实际上就是相同长度的一组序列根据各个位点氨基酸（碱基）频率计算得到的的权值矩阵，许多motif寻找软件的组成部分。

Needleman-Wunsch和Smith-Waterman算法都是Pairwise alignment算法，用于双序列比对。Needleman-Wunsch是全局序列比对算法，最终会得到2条序列在全局上最佳的匹配结果（e.g. 最多的match数量、最高的比对得分、最高的identity）。Smith-Waterman是局部序列比对算法，最终得到的是2条序列在局部的最佳匹配片段（注意：即挑选出得分最高的比对片段）